Университеттин  түптөлүү башаты өткөн жүз жылдыктын  30-жылдарына, Кыргызстандын алгачкы  мезгилине туура келет.  Ошол жылдардагы  толкундуу саясий  окуяларга карабастан, Жусуп Абдрахманов тарабынан  айыл чарбасын өнүктүрүүгө жана калыптанышына чоң маани берилген. Жаш республика үчүн анда абдан эле оор болгон.  Айыл чарба малдарынын саны кескин кыскарып,    дыйкан чарбаларынын өзүнүн керектөөлөрүн араң камсыз кыла алган.  Мындай кырдаалда айыл чарба өндүрүшүнө байланышкан, илимге негизделген комплекстүү милдеттерди чечүүнүн зарылдыгы пайда болгон.  Билимдүү адистерге муктаждык жаралган. Бул  жогорку билимдүү адистерди даярдоо үчүн, ветеринардык институтту уюштурууга  негиз болгон.

Кыргыз АССРинин жер боюнча элдик комитетинин кеңешинин «Зооветеринардык институтун түзүү жөнүндө» 1931-жылдын 30-январында   токтом чыккан.   Бул токтом 1933-жылдын 30-январында ишке ашырылган жана зооветеринардык  институттун түзүлгөн күнү болуп эсептелет.  Адегенде 53 студент кабыл алынган.   

Айыл чарбасын мындан ары өнүктүрүү, өзгөчө, өсүмдүк өстүрүү жана мал чарбачылыгын тез арада талааларда жана фермаларда өнүмдүүлүгүн жогорулатууну талап кылган, ал маселелерди окумуштуу агрономдор гана чече алмак. Тоют өндүрүү боюнча агроном адистерди даярдоо үчүн, 1938-жылы агрономиялык факультет ачылган, ушул эле жылы зооветеринардык институт Кыргыз айыл чарба институту деп аталган.

Институт билим берүү, илимий окуу жайы катары өнүккөн жана өркүндөгөн. Республикада эл чарбасын үзгүлтүксүз өнүктүрүү жаңы адистерди: инженер гидромелиораторлорду, айыл чарбасынын механизаторлорун даярдоону талап кылган. Ушуга байланыштуу, 1949-жылы гидромелиоративдик факультет ачылган, 1952-жылы айыл чарбасын механизациялаштыруу факультети түзүлгөн.

Агроөнөржай комплексин интенсивдүү өнүктүрүү, айыл чарбасын натыйжалуу  өстүрүүнүн экономикалык жолдорун, мамилелерин чечүүнү шарттады. Ошентип, айыл чарба өндүрүшүндө экономисттерди даярдоо зарылдыгы жаралып, 1970-жылы ачылган экономикалык факультет, бүтүрүүчүлөрүн чыгара баштады. Азыркы күндө экономика жана маалыматтык системалар факультети университетте эң ири жана агрардык сектордун экономикасы үчүн экономисттерди, менеджер-маркетологдорду, аудиторлорду, финансистерди, бухгалтерлерди  даярдап келет.

85 жылдын  ичинде университет сыймыктуу жолду басып өттү. Агроөнөржай комплекси үчүн 60 миңден ашуун жогорку квалификациялуу адистер даярдалды. Алардын катарында    дүйнөгө аты чыккан Эл жазуучусу, Лениндик жана Мамлекеттик сыйлыктардын лауреаты, академик, зоотехния факультетинин 1953-жылкы бүтүрүүчүсү Ч.Айтматов бар. Андан сырткары, Эмгектин үч жолку баатыры Т.Акматовду да кошууга болот. Ошондой эле, Кыргыз Республикасынын Улуттук илимдер академиясынын академиктери жана корреспондент-мүчөлөрү бар, көпчүлүгү министр болушкан, КР Жогорку Кеңешинин депутаттары болуп келишүүдө. Алар агроөнөржай комплексин калыптандыруу жана өнүктүрүүгө олуттуу салымдарын, жетекчилик кызматтарда иштеп жаткан мезгилдеринде кошушкан. Биз бүтүрүүчүлөрүбүз  менен сыймыктанабыз. Алар:

Темирбек Кошоев – Кыргыз ССР Жогорку Кеңешинин төрагасы (1981-1987-жж.), агрономия факультетинин бүтүрүүчүсү;

Арстанбек Дүйшеев – Кыргыз ССР Министрлер Кеңешинин төрагасы (1979-1981-жж.), ветеринария факультетинин бүтүрүүчүсү;

КР  Улуттук илимдер академиясынын академиктери жана корреспондент–мүчөлөрү: Ильяс Ботбаев, Жамин Акималиев, Асангалый Орузбаев, Жумакан Лайлиев, КР Улуттук илимдер академиясынын ардактуу академиги  Абдулхай Алдашев ж.б. көптөгөн окумуштуулар бар.

 2009-жылы Агрардык университетке «Улуттук» статусу берилген.  

2010-жылдан бери  университетти КР УИАнын  академиги, КР Билим берүүсүнө эмгек сиңирген ишмер,  КР Илим жана техника жаатындагы Мамлекеттик сыйлыгынын лауреаты,  ветеринария илимдеринин доктору, профессор Рысбек Нургазиев   жетектеп келе жатат.

Бүгүнкү күндө университет республиканын тагдырын чечүүчү беш жогорку окуу жайлардын бирине кирет. Ал республиканын агрардык секторуна  жогорку   квалификациялуу   адистерди даярдап, чыгарып келет.