Сегодня университет входит в число пяти судьбоносных основных высших учебных заведений республики. Он осуществляет подготовку и переподготовку научно-педагогических кадров высшей и средней квалификации для аграрного сектора экономики республики. В настоящее время в составе университета 6 факультетов и 1 институт (факультет агрономии и лесного хозяйства, инженерно-технический факультет, факультет гидромелиорации, экологии и землеустройства, факультет ветеринарной медицины и биотехнологии, факультет технологии и переработки сельскохозяйственной продукции, факультет экономики и менеджмента, институт информационных систем и дистанционного образования), 31 кафедр, 4 колледжа (Технико-экономический колледж, Агротехнический колледж им. С.Ибраева, Токмокский колледж, Бишкекский агроэкономический колледж им. С.Турсунова), учебно-опытное хозяйство в Сокулукском районе и научно-исследовательский институт ветеринарии. В университете обучаются свыше 6 тыс. студентов по 1 специальности, 23 направлениям бакалавриата, 17 направлениям магистратуры. В учебном процессе задействовано 285 штатных педагогов, в том числе 34 докторов и 106 кандидата наук.