Отдел качества образования (ОКО) был создан в 2016 году. В соответствии с приказом ректора №7 от 23 января 2024 года Отдел переименован на Отдел качества, аккредитации и лицензирования.  Отдел является самостоятельным структурным подразделением КНАУ им. К.И.Скрябина, осуществляющим деятельность в соответствии с нормативно-правовыми актами КР. Главная цель Отдела – координация образовательного процесса и организация деятельности структурных подразделений, отделов и служб института по управлению и обеспечению качества образования, с целью удовлетворения потребителей (работодателей, студентов, родителей, общества и т.д.) и других заинтересованных сторон.   К задачам отдела качества аккредитации и лицензирования относятся:

• Разработка и внедрение системы менеджмента качества университета.
• Реализация и координация политики Университета в области качества в структурных подразделениях и отделах.
• Мониторинг показателей и процессов качества образования в структурных подразделениях, отделах университета, их анализ и принятие мер по улучшению качества.
• Осуществление системы мероприятий по внутреннему аудиту и самооценки деятельности структурных подразделений и отделов университета.
• Проведение социальных опросов и исследований по вопросам организации качества образовательной и других видов деятельности университета.
• Разработка локальных нормативных документов, регламентирующих деятельность КНАУ в области управления качеством.
• Подготовка и организация работ по лицензированию и аккредитации образовательных программ.
• Изучение и применение в практике опыта и рекомендаций международных учреждений, обеспечивающих мониторинг качества.
• Поддержание эффективного функционирования и управления внутренней системы обеспечения качества университета.
• Проведение работ по повышению квалификации ППС университета.
• Организация курсов повышения квалификации для специалистов аграрной отрасли.