Билим берүүнүн сапат бөлүмү 2016-жылы түзүлгөн. 2024-жылдын 23-январында чыккан №7 ректордун буйругунун негизинде бөлүмдүн аталышы Сапат, аккредитация жана лицензиялоо бөлүмү болуп өзгөрдү. Кыргыз Республикасынын ченемдик укуктук актыларына ылайык бөлүм К.И. Скрябин атындагы КУАУнун өз алдынча түзүмдүк бөлүмү болуп саналат. Бөлүмдүн негизги максаты билим процессин координациялоо, окуу жайдын факультеттерине, институттарына, колледждерине жана бөлүмдөрүнө билимдин сапатын камсыз кылууга тиешелүү иштерди уюштуруу жана башкаруу, о.э. сапаттуу билим боюнча баардык талап кылуучуларга (кызматкерлерге, студенттерге, ата-энелерге, коомго ж.б.) канааттандыраарлык кызмат көрсөтүү.

       Сапат, аккредитация жана лицензиялоо бөлүмүнүн милдеттерине төмөнкүлөр кирет:

• Университеттин сапат системасын уюштуруу
• Башкаруу структурасын иштеп чыгуу жана ишке киргизүү. Структуралык бөлүктөрүндө жана бөлүмдөрүндө сапат жаатында университеттин саясатын ишке ашыруу жана координациялоо;
• Университеттин түзүмдүк бөлүктөрүндө, бөлүмдөрүндө билим сапатынын  көрсөткүчтөрүнө жана процесстерине мониторинг жүргүзүү, аларды талдоо жана сапатын жогорулатуу боюнча чараларды көрүү. Университеттин түзүмдүк бөлүмдөрүнүн ишмердүүлүгүнө ички аудит жана өзүн-өзү баалоо боюнча чаралардын системасын ишке ашыруу. Университеттин окуу жана башка иштеринин сапатын уюштуруу боюнча социалдык сурамжылоолорду жана изилдөөлөрдү жүргүзүү;
• Сапаттык башкаруу чөйрөсүндө КУАУнун ишин жөнгө салуучу жергиликтүү ченемдик укуктук актыларды иштеп чыгуу;
• Билим берүү программаларын аккредитациялоо иштерин жүргүзүү;
• Билим берүү программаларын лицензиялоо иштерин жүргүзүү;
• Сапатты башкаруу боюнча эл аралык билим берүү мекемелеринин тажрыйбасын жана сунуштарын үйрөнүү жана иш жүзүндө колдонуу;
• Университеттеги сапатты камсыздоодо ички системанын эффективдүү иштөөсүн жана башкарылуусун камсыз кылуу;
• Университеттин профессордук-окутуучу курамынын жана квалификациясын жогорулатуу иштерин жүргүзүү.
• Агрардык тармакта иш алып барган адистерге квалификацияны жогорулатуу курстарын уюштуруу.