История образования нашего Университета относят нас в 30-е годы прошлого столетия, когда шло преобразование Кыргызстана. Несмотря на бурные политические события тех лет, Юсупом Абдрахмановым много уделялось внимания становлению и развитию сельского хозяйства. Молодой республике тогда было очень тяжело. Резко уменьшилось поголовье сельскохозяйственных животных, естественный прирост едва обеспечивал потребность самих дыйканских хозяйств. В такой ситуации возникла необходимость научно обоснованного решения комплекса задач, связанных с сельскохозяйственным производством. Нужны были образованные кадры. Это стало основанием для организации зооветеринарного института, призванного готовить высокообразованных специалистов.

На организацию ушло 2 года со дня выхода постановления Коллегии Наркомзема Киргизской АССР от 30 января 1931 года “Об организации зооветинститута”.

Данное постановление было реализовано 30 января 1933 года и это практически является днем образования зооветеринарного института. Первый набор студентов составил 53 человека.

Дальнейшее развитие сельского хозяйства, особенно отраслей растениеводства и животноводства, требовало неотложного решения вопроса повышения продуктивности полей и ферм, которые могли решать только ученые агрономы. Так, в 1938 году был открыт агрономический факультет для подготовки специалистов – агрономов по кормодобыванию и в этом же году зооветеринарный институт был переименован в Киргизский сельскохозяйственный институт.

Институт развивался и совершенствовался как научно-образовательное учреждение. Непрерывное развитие народного хозяйства республики потребовало подготовки новых специалистов: инженеров гидромелиораторов и механизаторов сельского хозяйства. В связи с этим в 1949 году был открыт гидромелиоративный факультет, а в 1952 году создан факультет механизации сельского хозяйства.

Интенсивное развитие агропромышленного комплекса обусловило экономический подход к решению вопросов эффективного развития сельского хозяйства. Так, назрела потребность в подготовке экономистов сельскохозяйственного производства, выпуск которых осуществляет экономический факультет, открытый в 1970 году. Сегодня факультет экономики и бизнеса самый крупный в Университете и готовит экономистов, менеджеров, маркетологов, аудиторов, финансистов, банкиров для аграрного сектора экономики.

За 85 лет пройден славный путь университета. Подготовлено свыше 60 тысяч высококвалифицированных специалистов для агропромышленного комплекса. Среди выпускников мы с большой гордостью называем Ч.Айтматова – народного писателя с мировым именем, лауреата Ленинской и Государсвенной премий, академика, выпускника зоотехнического факультета. Из числа выпускников немало стали Героями труда, а Т.Акматов дважды Героем труда. Кроме того, среди них имеются и академики, и член-корреспонденты НАН КР, многие стали министрами, избраны депутатами Жогорку Кенеша Кыргызской Республики. Они внесли весомый вклад в становление и развитие агропромышленного комплекса, находясь на руководящих должностях. Мы всегда гордимся их именами:

Темирбек Кошоев – Председатель Верховного Совета Киргизской ССР, выпускник агрономического факультета. Арстанбек Дуйшеев – Председатель Совета министров Киргизской ССР, выпускник ветеринарного факультета; Избраны академиками и член-корреспондентами НАН КР: Ильяс Ботбаев; Джамин Акималиев; Асангалый Орузбаев и Жумакан Лайлиев, а почетным академиком НАН КР – Абдулхай Алдашев – лауреат Государственной Премии им.Токтогула и многие другие крупные ученые.

     В настоящее время Университет носит имя выдающего ученого, академика АН СССР, АМН и ВАСХНИЛ Скрябина К.И.

 В 2009 году Аграрному университету присвоено звание “Национальный”.

       В 2010 году ректором назначен  академик НАН КР, Заслуженный деятель науки КР, лауреат Государственной премии Кыргызской Республики в области науки и техники, доктор ветеринарных наук, профессор Рысбек Нургазиев.

Сегодня Университет входит в число пяти судьбоносных основных ВУЗов республики. Он осуществляет подготовку и переподготовку научно-педагогических кадров высшей и средней квалификации для аграрного сектора экономики республики.