Основными задачами бухгалтерии  являются:

-своевременное формирование полной и достоверной информации о финансово-хозяйственной деятельности подготовки финансовой отчетности;

-обеспечение информацией, необходимой для контроля над соблюдением законодательства Кыргызской Республики при осуществлении хозяйственных операций;

-осуществление контроля над соблюдением утвержденных норм при осуществлении хозяйственных операций, для которых такие ограничения предусмотрены;

– осуществление контроля (посредством процедур учета) над сохранностью и целевым использованием имеющихся в бюджетном учреждении активов.